Mentre treballen en una avaria subterrània, els lampistes de Brooklyn, Mario i el seu germà Luigi, viatgen per una misteriosa canonada fins a un nou món màgic. Però quan els germans se separen, en Mario haurà d'emprendre una èpica missió per trobar en Luigi. Amb l'ajuda del xampinyó local Toad i unes quantes nocions de combat de la guerrera líder del Regne Xampinyó, la princesa Peach, en Mario descobreix tot el poder que té al seu interior.